Тотчас после того как Москва освободилась от поляков, решено было приступить к избранию царя. Всюду по городам разослали грамоты с приглашением присылать выборных людей в Москву для совершения великого дела.
Когда выборные люди съехались, начались совещания. Прежде всего было решено выбрать «природного русского государя, а не иноземного и не иноверного королевича». Кроме того, сочли возможным из боярских родов выбрать только тот, который не был замешан в последних смутах. В итоге оказалось, что царь может быть избран только из рода бояр Романовых, которые по родству ближе всего стояли к прежнему царскому роду.
21 февраля 1613 года, в неделю православия, выборные в последний раз собрались на совещание для подачи письменных мнений — и все единогласно указали на юного Михаила Федоровича Романова как на «природного государя». Тогда высшее духовенство и бояре взошли на Лобное место и спросили у народа, собравшегося на Красной площади: «Кого хотите в цари?» В ответ на это вся площадь огласилась громкими криками: «Михаил Федорович Романов будет царь-государь Московскому государству и всей Русской державе!»
Тотчас после этого в Успенском соборе был отслужен молебен и было провозглашено многолетие новоизбранному царю, а затем ему принесли присягу все выборные, бояре и народ. Во все города разослали грамоты с извещением об избрании на царство Михаила Федоровича Романова. Юный царь находился в это время в Костроме и к нему отправили от всей Русской земли посольство — «пригласить его на царство».
По прибытии в Кострому 13 марта 1613 года посольство направилось в Ипатьевский монастырь, где жил шестнадцатилетний Михаил Федорович со своей матерью инокиней Марфой. После молебна в соборной церкви посольство вручило избранному царю грамоту от всей Русской земли и пригласило его ехать в Москву для вступления на престол. Однако юный Михаил и его мать ответили отказом. Инокиня Марфа от имени сына сказала, что у него «и в мыслях нет быть государем, что он еще не в совершенных летах, а Московского государства люди измалодушествовались — клялись в верной службе прежним государям и всем им изменили». В подтверждение своих слов она припомнила об измене Годунову и о сведении Шуйского с престола. «Притом, — добавила инокиня Марфа, — все государство Московское от польских и литовских людей разорено, царские сокровища и казна расхищены, так что царю нечем служилых людей жаловать и против недругов воевать».
На это послы отвечали, что прежние государи — и Борис Годунов, и Василий Шуйский — «вступали на престол по своему хотению», а нынешний царь выбран всей Землей на царство «не по своему желанию, а по изволению Божию». При этом послы добавили, что «все люди Московского государства теперь наказались и пришли в соединение», и со слезами молили Михаила Федоровича и инокиню Марфу, чтобы юный царь «воли Божией с себя не снимал, если не хочет, чтобы Бог взыскал на нем конечную гибель и разорение всего государства».
Тогда Михаил Федорович и его мать сказали, что «они во всем полагаются на праведные, непостижимые судьбы Божии». Мать благословила сына, и Михаил Федорович принял царский посох от архиепископа. Вскоре после этого юный царь поехал в Москву, где и венчался на царство 11 июня 1613 года.